به دنبال سنتز مصنوعی DNA سه رشته ای (تریپلکس) در سال 1957 و مدتی بی توجهی به آن، دوباره و بطور مشخص از سال 1987 به بعد اهمیت ساختاری و عملکردی آن در سیستم های حیاتی و کاربردهای پزشکی آن به طور جدی مورد توجه قرار گرفته است. ایجاد پیوندهای هیدروژنی بین جفت بازهای DNA و باز سوم و تشکیل تریپلت ها، امکان تشکیل DNA سه رشته ای را فراهم آورده است. تریپلکس ها را برحسب اینکه رشته سوم نسبت به رشته مشابهش در DNA دو رشته ای در چه جهتی قرار گرفته باشد به دو دسته موازی و موازی ناهمسو تقسیم بندی می کنند. پایداری تریپلکس موازی ناهمسو بیش از پایداری تریپلکس موازی است. DNA سه رشته ای به طور معمول توسط ردیف های پلی پورین-پلی پیریمیدین تشکیل می شود. این ردیفها با شرکت در ساختارهای سه رشته ای می توانند حرکات چنگال همانندسازی را متوقف ساخته و به این ترتیب همانندسازی DNA را کنترل نمایند. علاوه بر این، تشکیل تریپلکس می تواند از اتصال عامل نسخه برداری SP1 به پروموتر ژنها جلوگیری کرده و رونویسی آنها را مختل سازد چنانچه عمل نسخه برداری آنکوژن ras را به همین طریق متوقف می کند. تشکیل تریپلکس می تواند از نسخه برداری ژنهای ویروس HIV-1 نیز در سلولهای آلوده جلوگیری کند. بنابراین، از آنجا که DNA تریپلکس قادر است به صورت انتخابی روی یک ژن مشخص عمل کند، می تواند به عنوان یک ابزار مولکولی دقیق برای مقابله با برخی بیماریهای خطرناک مانند ایدز به کار رود. در سطح مولکولی، پژوهش بر روی خواص درمانی و کاربردهای پزشکی مولکول DNA سه رشته ای به سرعت در حال انجام است و انتظار می رود که در آینده نزدیک به نتایج پرثمری منجر گردیده و بر وسعت کاربردهای پزشکی این مولکول افزوده شود.