زمینه و هدف: استافیلوکوکوس اورئوس فاکتورهای مختلف شامل توکسین سندرم شوک سمی (TSST-1) و اگزفولیاتو (ET) را تولید می‌کند که در کلونیزه شدن و ایجاد بیماری نقش دارند. هدف از این مطالعه تعیین فراوانی ژن‌های TSST-1 و ET در ایزوله‌های کلینیکی استافیلوکوکوس اورئوس بود. روش بررسی: این مطالعه به صورت مقطعی بر روی 100 سویه استافیلوکوک اورئوس مقاوم به متی‌سیلین (MRSA) و 100 سویه استافیلوکوک اورئوس حساس به متی‌سیلین (MSSA) جدا شده از نمونه‌های بالینی بیماران بستری، سرپایی و ناقلین بیمارستان‌های آموزشی شهر همدان از مهر 1392 تا مرداد 1393 انجام گرفت. گونه‌های شناسایی شده به روش بیوشیمیایی با استفاده از تکنیک مولکولی Polymerase chain reaction (PCR) نیز تایید شدند. الگوی حساسیت دارویی با استفاده از روش دیسک دیفیوژن انجام شد. وجود ژن‌های TSST-1 و ET با روش PCR مورد بررسی قرار گرفت. یافته‌ها: بیشترین حساسیت و مقاومت سویه‌های MRSA، MSSA و سویه‌های ناقلین در برابر آنتی‌بیوتیک‌ها به ترتیب شامل کلیندامایسین و سیپروفلوکساسین، کلیندامایسین و تتراسایکلین، اریترومایسین و جنتاماسین مشاهده شد. به‌طور کلی (13%) 26 سویه از 200 دارای ژن توکسین سندرم شوک سمی و اگزفولیاتیو بودند. فراوانی مربوط به ژنTSST (11%) 22 و فراوانی ژن ETD (2%) 4، می‌باشد. با توجه به نتایج آماری ارتباطی بین سویه‌های MRSA و MSSA با ژن‌های TSST و ETD دیده نشد (به ترتیب با 058/0P= و 36/0P=). نتیجه‌گیری: نتایج نشان می‌دهد که میزان شیوع استافیلوکوکوس اورئوس حامل TSST در شهر همدان موضوع نگران کننده‌ای است. گردش این ایزوله‌ها در افراد جامعه به ویژه افراد مسن و افراد دچار نقص سیستم ایمنی در کشور و در افراد سالم که گاه تا60-50% می‌رسد، دارای اهمیت می‌باشد.