<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<journal>
<title>Tehran University Medical Journal</title>
<title_fa>مجله دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی تهران</title_fa>
<short_title>Tehran Univ Med J</short_title>
<subject>Medical Sciences</subject>
<web_url>http://tumj.tums.ac.ir</web_url>
<journal_hbi_system_id>1</journal_hbi_system_id>
<journal_hbi_system_user>admin</journal_hbi_system_user>
<journal_id_issn>1683-1764</journal_id_issn>
<journal_id_issn_online>1735-7322</journal_id_issn_online>
<journal_id_pii></journal_id_pii>
<journal_id_doi>10.18869/acadpub.tumj</journal_id_doi>
<journal_id_iranmedex></journal_id_iranmedex>
<journal_id_magiran></journal_id_magiran>
<journal_id_sid>000</journal_id_sid>
<journal_id_nlai>000</journal_id_nlai>
<journal_id_science>000</journal_id_science>
<language>fa</language>
<pubdate>
	<type>jalali</type>
	<year>1399</year>
	<month>10</month>
	<day>1</day>
</pubdate>
<pubdate>
	<type>gregorian</type>
	<year>2021</year>
	<month>1</month>
	<day>1</day>
</pubdate>
<volume>78</volume>
<number>10</number>
<publish_type>online</publish_type>
<publish_edition>1</publish_edition>
<article_type>fulltext</article_type>
<articleset>
	<article>


	<language>other</language>
	<article_id_doi></article_id_doi>
	<title_fa>جبران‌سازی تغییرات مغز در حین عمل جراحی با استفاده از تطبیق تصاویر MR و اولتراسوند</title_fa>
	<title>Compensation of brain shift during surgery using non-rigid 
registration of MR and ultrasound images</title>
	<subject_fa></subject_fa>
	<subject></subject>
	<content_type_fa>مقاله اصیل</content_type_fa>
	<content_type>Original Article</content_type>
	<abstract_fa>&lt;span style=&quot;font-family:yekanYW;&quot;&gt;&lt;strong&gt;&lt;em&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt;زمینه و هدف:&lt;/span&gt;&lt;/em&gt;&lt;/strong&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt; جراحی و برداشت دقیق تومور مغز در اتاق عمل و پس از باز کردن کاسه سر، به&#8204;علت برداشته شدن فشار جمجمه و جابجایی و تغییر شکل بافت مغز یکی از چالش&#8204;های اصلی جراحان مغز و اعصاب می&#8204;باشد.&lt;/span&gt;&lt;br&gt;
&lt;strong&gt;&lt;em&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt;روش بررسی:&lt;/span&gt;&lt;/em&gt;&lt;/strong&gt; &lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt;این مطالعه تحلیلی که از فروردین تا دی ۱۳۹8 در تهران انجام شده است، بر روی یک دیتابیس شامل تصاویر&lt;/span&gt; &lt;span dir=&quot;LTR&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:8.0pt;&quot;&gt;MR&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt; پیش از عمل و تصویر اولتراسوند پس از برداشتن کاسه سر&lt;/span&gt; &lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt;۲2 بیمار دارای تومور گلیوما درجه پایین در بیمارستان دانشگاه سنت اولوو انجام شده است. برای جبران تغییرات مغز از روش تطبیق تصاویر &lt;/span&gt;&lt;span dir=&quot;LTR&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:8.0pt;&quot;&gt;MR&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt; پیش از عمل و تصویر اولتراسوند استفاده کرده و تصویر سومی به&#8204;دست آورده که شبیه به تصویر &lt;/span&gt;&lt;span dir=&quot;LTR&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:8.0pt;&quot;&gt;MR&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt; پیش از عمل است ولی هندسه تغییرات شکل مغز از تصاویر اولتراسوند پس از برداشتن تومور را دارد. برای جابجایی پیکسل&#8204;ها، از ترکیب دو مدل افاین &lt;/span&gt;&lt;span dir=&quot;LTR&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:8.0pt;&quot;&gt;(Affine)&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt; برای جبران تغییرات سراسری و افزایش سرعت و مدل غیرصلب &lt;/span&gt;&lt;span dir=&quot;LTR&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:8.0pt;&quot;&gt;Free form deformation (FFD)&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt; برای تغییرات محلی و کوچک غیرخطی به&#8204;صورت سلسله مراتبی بهره بردیم. همچنین از روش اطلاعات متقابل به&#8204;عنوان معیار شباهت استفاده کردیم.&lt;/span&gt;&lt;span dir=&quot;LTR&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:8.0pt;&quot;&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;br&gt;
&lt;strong&gt;&lt;em&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt;یافته&#8204;ها:&lt;/span&gt;&lt;/em&gt;&lt;/strong&gt; &lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt;نتایج روش پیشنهادی بر روی تصاویر ۲2 بیمار دارای تومور گلیوما نوع ۲ ارایه شده و علاوه بر بررسی خطای نشانگرها (15 نشانگر برای هر بیمار)، براساس معیار شباهت اطلاعات متقابل نیز مورد ارزیابی قرار گرفت که نشان داد روش پیشنهادی با استفاده از ترکیب دو مدل افاین و &lt;/span&gt;&lt;span dir=&quot;LTR&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:8.0pt;&quot;&gt;FFD&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt; دقت بالایی را در مقایسه با استفاده جداگانه از هر کدام از این دو مدل به&#8204;دست آورد.&lt;/span&gt;&lt;br&gt;
&lt;strong&gt;&lt;em&gt;&lt;span dir=&quot;RTL&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt;نتیجه&#8204;گیری:&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/em&gt;&lt;/strong&gt; &lt;span dir=&quot;RTL&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt;روش پیشنهادی در تطبیق تصاویر &lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;span style=&quot;font-size:8.0pt;&quot;&gt;MR&lt;/span&gt;&lt;span dir=&quot;RTL&quot;&gt;&lt;span style=&quot;font-size:10.0pt;&quot;&gt; پیش از عمل و تصویر اولتراسوند پس از برداشتن کاسه سر موجب کاهش میزان خطای نشانگرهای تهیه شده توسط مختصص می&#8204;شود.&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;</abstract_fa>
	<abstract>&lt;strong&gt;&lt;em&gt;Background:&lt;/em&gt;&lt;/strong&gt; Surgery and accurate removal of the brain tumor in the operating room and after opening the scalp is one of the major challenges for neurosurgeons due to the removal of skull pressure and displacement and deformation of the brain tissue. This displacement of the brain changes the location of the tumor relative to the MR image taken preoperatively.&lt;br&gt;
&lt;strong&gt;&lt;em&gt;Methods:&lt;/em&gt;&lt;/strong&gt; This study, which is done from March to December 2019 in Tehran, is evaluated on the available database of RetroSpective Evaluation of Cerebral Tumors (RESECT) including pre-operative MR images, and intra-operative ultrasound from 22 patients with low-grade gliomas who underwent surgeries at St. Olavs University Hospital. This study is used for image registration of preoperative MR imaging and ultrasound imaging after resection of the skull to compensate for brain changes. By this method, we obtained a third image that resembles preoperative MR imaging but has the geometry of the brain shape changes. We used a combination of the two transformations named Affine and non-rigid Free Form Deformation (FFD) for hierarchically moving the pixels to compensate for global variations, and also nonlinear local and small variations. Also, by applying the mutual information function, we consider the entropy value as the criterion of similarity due to the non-similarity of the nature of the images. Also, Limited Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shannon method is used for optimization.
&lt;table align=&quot;center&quot; cellpadding=&quot;0&quot; cellspacing=&quot;0&quot; hspace=&quot;0&quot; vspace=&quot;0&quot;&gt;
	&lt;tbody&gt;
		&lt;tr&gt;
			&lt;td align=&quot;left&quot;&gt;&lt;strong&gt;&lt;em&gt;Results:&lt;/em&gt;&lt;/strong&gt; The results of the proposed method were presented on the available database of RetroSpective Evaluation of Cerebral Tumors (RESECT) including images of 22 patients with glioma type 2 tumors and evaluated based on 15 landmarks per patient and also mutual information criteria. The mean target registration error for affine, FFD and the proposed method are 46.19, 42.85 and 38.01, respectively. It was shown that the proposed method achieved high accuracy by combining the two transformations of affine and FFD compared to the separate use of each of the two models.&lt;br&gt;
			&lt;strong&gt;&lt;em&gt;Conclusion:&lt;/em&gt;&lt;/strong&gt; In image registration of preoperative MR and ultrasound images for compensation of brain shift, the combination of affine and FFD transformations had better results than the individual use of each of the transformations.&lt;span dir=&quot;RTL&quot;&gt;&lt;/span&gt;&lt;/td&gt;
		&lt;/tr&gt;
	&lt;/tbody&gt;
&lt;/table&gt;
&lt;div style=&quot;clear:both;&quot;&gt;&lt;/div&gt;</abstract>
	<keyword_fa>مغز, پردازش تصاویر, تصویربرداری رزونانس مغناطیسی, اولتراسوند.</keyword_fa>
	<keyword>brain, image processing, magnetic resonance imaging, ultrasonography.</keyword>
	<start_page>658</start_page>
	<end_page>667</end_page>
	<web_url>http://tumj.tums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-3666-342&amp;slc_lang=other&amp;sid=1</web_url>


<author_list>
	<author>
	<first_name>Amir Hossein </first_name>
	<middle_name></middle_name>
	<last_name>Jalalzadeh</last_name>
	<suffix></suffix>
	<first_name_fa>امیرحسین</first_name_fa>
	<middle_name_fa></middle_name_fa>
	<last_name_fa>جلال‌زاده</last_name_fa>
	<suffix_fa></suffix_fa>
	<email></email>
	<code></code>
	<orcid></orcid>
	<coreauthor>No</coreauthor>
	<affiliation>Department of Biomedical Engineering, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran.</affiliation>
	<affiliation_fa>گروه مهندسی پزشکی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران</affiliation_fa>
	 </author>


	<author>
	<first_name>Ahmad</first_name>
	<middle_name></middle_name>
	<last_name>Shalbaf </last_name>
	<suffix></suffix>
	<first_name_fa>احمد</first_name_fa>
	<middle_name_fa></middle_name_fa>
	<last_name_fa>شالباف</last_name_fa>
	<suffix_fa></suffix_fa>
	<email>shalbaf@sbmu.ac.ir</email>
	<code></code>
	<orcid></orcid>
	<coreauthor>Yes
</coreauthor>
	<affiliation>Department of Biomedical Engineering and Medical Physics, School of Medicine, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran.</affiliation>
	<affiliation_fa>گروه مهندسی و فیزیک پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران.</affiliation_fa>
	 </author>


	<author>
	<first_name>Arash</first_name>
	<middle_name></middle_name>
	<last_name>Maghsoudi</last_name>
	<suffix></suffix>
	<first_name_fa>آرش</first_name_fa>
	<middle_name_fa></middle_name_fa>
	<last_name_fa>مقصودی</last_name_fa>
	<suffix_fa></suffix_fa>
	<email></email>
	<code></code>
	<orcid></orcid>
	<coreauthor>No</coreauthor>
	<affiliation>Department of Biomedical Engineering, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran.</affiliation>
	<affiliation_fa>گروه مهندسی پزشکی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران</affiliation_fa>
	 </author>


</author_list>


	</article>
</articleset>
</journal>
