fa پیش‌بینی برهمکنش بین ترکیبات موجود در بره‌موم زنبور عسل و بخش آنتی‌ژن حفاظت‌کننده موجود در سم سیاه زخم با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک مقاله اصیل Original Article <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><strong>زمینه و هدف:</strong> آنتی‌ژن حفاظت‌کننده از بخش‌های ساختاری در یکی در سم سیاه زخم می‌باشد و پس از تاثیر سم برگیرنده سلولی، نقش مهمی در بیماری‌زایی سم ایفا می‌کند. هدف از این مطالعه بررسی برهمکنش بیوانفورماتیکی آنتی‌ژن حفاظت‌کننده سیاه زخم و چهار ترکیب مهم موجود در بره‌موم زنبور عسل شامل کافئیک اسید، ﺑﻨﺰیﻞ کافئات، سینامیک اسید و کامپفرول با استفاده از نرم‌افزارها و وبگاه‌های بیوانفورماتیکی بود.</p> <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><strong>روش بررسی: </strong>این پژوهش با استفاده از الگوریتم‌های مختلف موجود در پایگاه‌های بیوانفورماتیکی در سال 1393 در دانشگاه علوم پزشکی اصفهان و دانشگاه آزاد اسلامی واحد خوراسگان انجام گرفت. برهمکنش گیرنده با هر کدام از لیگاندها، با استفاده از وب سرورهای <span dir="LTR">SwissDock (http://www.swissdock.ch/)</span> و <span dir="LTR">BSP-SLIM (http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/BSP-SLIM/)</span> به‌دست آمد. نتایج داکینگ <span dir="LTR">(Docking)</span> به‌صورت عدد بر حسب کیلوکالری بر مول <span dir="LTR">(kcal/mol)</span> مشخص شد.</p> <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><strong>یافته‌ها:</strong> بررسی برهمکنش ترکیبات موجود در بره‌موم و آنتی‌ژن خفاظت‌کننده با استفاده از سرور <span dir="LTR">BSP-SLIM </span>&nbsp;نشان داد که بیشترین برهمکنش به‌ترتیب مربوط به ترکیبات کافئیک اسید، ﺑﻨﺰیﻞ کافئات، سینامیک اسید و کامپفرول بود. نتایج مربوط به برهمکنش لیگاندهای مورد نظر و آنتی‌ژن حفاظت‌کننده با استفاده از سرور <span dir="LTR">SwissDock </span>&nbsp;نشان داد که ترکیب کافئیک اسید، <span dir="LTR">&Delta;G</span> برابر با <span dir="LTR">kcal/mol</span> 10/9 و <span dir="LTR">FullFitness</span> برابر با <span dir="LTR">kcal/mol</span> 16/993 داشت. بررسی و تحلیل برهمکنش لیگاندها با آمینواسیدهای وآنتی‌ژن حفاظت‌کننده نشان داد که بیشترین برهمکنش در ترکیب کافئیک اسید مربوط به اسید آمینه گلوتامیک اسید 117 با انرژی برابر با <span dir="LTR">kcal/mol</span> 5429/15 بود.</p> <p dir="RTL" style="text-align: justify;"><strong>نتیجه‌گیری: </strong>گلوتامیک اسید 117 در اتصال آنتی‌ژن حفاظت‌کننده و گیرنده سلولی آن و در پی آن بیماری‌زایی سم تاثیر چشمگیری دارد.</p> <p style="text-align: justify;"><strong>Background: </strong>Protective antigen of anthrax toxin, after touching the cell receptors, plays an important role in the pathogenesis of toxin. The purpose of this study was to investigate the interaction of anthrax toxin protective antigen and four great combination propolis included caffeic acid, benzyl caffeate, cinnamic acid and kaempferol using the softwares and bioinformatics web servers.</p> <table align="center" cellpadding="0" cellspacing="0" hspace="0" vspace="0"> <tbody> <tr> <td align="left"> <p style="text-align: justify;"><strong>Methods: </strong>Three-dimensional structure of protective antigen (receptor) obtains from Protein Data Bank (PDB). Four of the main components from propolis were selected &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;as ligand and their 3D-structures were obtained from ChemSpider and ZINC &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;compound database. The interaction of each ligand and receptor was assessed &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;by SwissDock server (<a href="http://www.swissdock.ch/">http://www.swissdock.ch/</a>) and BSP-SLIM server (http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/BSP-SLIM). Docking results appears with Fullfitness numbers (in kcal/mol). Identification of amino acids involved in ligand and receptor interaction, was performed using the Chimera software; UCSF Chimera program (http://www.cgl.ucsf.edu/).</p> <p style="text-align: justify;"><strong>Results: </strong>The results of interaction between propolis components and protective antigen by BSP-SLIM server showed that the most interaction was related with benzyl caffeate, caffeic acid, kaempferol and cinnamic acid, respectively. Results for the desired ligand Interaction with protective antigen genes using SwissDock server showed that the caffeic acid had &Delta;G equals -9.10 kcal/mol and FullFitness equal to -993.16 kcal/mol respectively. The analysis of interaction between ligands with amino-acids of protective antigen indicated that the interaction of Caffeic acid whit Glutamic acid 117 had energy -15.5429 kcal/mol.</p> <p style="text-align: justify;"><strong>Conclusion: </strong>Finding strong and safe inhibitors for anthrax toxin is very useful method for inhibiting its toxicity to cell. In this study the binding ability of four flavonoids to protective antigen was studied. Glutamic acid 117 is very effective in protective antigen binding and cell receptor and subsequent in virulent of anthrax toxin. Effective interaction of caffeic acid in propolis and glutamic acid 117 can be as useful in preventing the toxic effect on cell. According to our results, all four flavonoids tested in this study have binding activity to protective antigen and are good choices for fighting against anthrax.</p> </td> </tr> </tbody> </table> <div style="clear: both; text-align: justify;"></div> سم سیاه زخم, آنتی‌ژن حفاظت‌کننده, بره‌موم, کافئیک اسید, برهمکنش مولکولی anthrax toxin, caffeic acid, molecular interaction, propolis, protective antigen 715 722 http://tumj.tums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-25-5526&slc_lang=fa&sid=1 Elmira Mohammadi المیرا محمدی Yes Department of Pharmaceutical Biotechnology, School of Pharmacy, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran. گروه بیوتکنولوژی دارویی، دانشکده‌ی داروسازی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، ایران. Shahin Gavanji شاهین گوانجی shahin.gavanji@yahoo.com No Young Researchers and Elite Club, Isfahan (Khorasgan) Branch, Islamic Azad University, Isfahan, Iran. باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد خوراسگان، اصفهان، ایران. Faezeh Khozimeh فائزه خزیمه No Dental Research Center, Department of oral Medicine, School of Dentistry, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran. مرکز تحقیقات دندانپزشکی، گروه بیماری‌های دهان فک و صورت، دانشکده دندانپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران. Zahra Golestannejad زهرا گلستان‌نژاد No Dental Research Center, Department of oral Medicine, School of Dentistry, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran. مرکز تحقیقات دندانپزشکی، گروه بیماری‌های دهان فک و صورت، دانشکده دندانپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران. Mohammadreza Golestannejad محمدرضا گلستان‌نژاد No Department of Orthopedic, Isa Ben Maryam Hospital, School of Medicine, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran. گروه ارتوپدی، بیمارستان عیسی ابن مریم، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران. Mahin Bakhshi مهین بخشی No Department of Oral and Maxillofacial Medicine, School of Dentistry, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran. گروه بیماری‌های دهان فک و صورت، دانشکده دندانپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران. Hazhir Yousefshahi هژیر یوسف شاهی No Dental Student, Students Research Center, School of Dentistry, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran. دانشجوی دندانپزشکی، کمیته پژوهش‌های دانشجویان، دانشکده دندانپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران. Mohsen Doostmohammadi محسن دوست محمدی No Young Researchers and Elite Club, Isfahan (Khorasgan) Branch, Islamic Azad University, Isfahan, Iran. باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد خوراسگان، اصفهان، ایران.