دوره 82، شماره 6 - ( شهریور 1403 )                   جلد 82 شماره 6 صفحات 511-502 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print

Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Zendehdel F S, Angaji S A, Beikzadeh B, Narouie B, Mohammadi M. Identification of diagnostic biomarkers in kidney cancer using RNAseq data analysis and their confirmation by qRT-PCR. Tehran Univ Med J 2024; 82 (6) :502-511
URL: http://tumj.tums.ac.ir/article-1-13191-fa.html
زنده‌دل فاطمه سادات، انگجی سید عبدالحمید، بیک‌زاده بهناز، ناروئی بهزاد، محمدی مهدی. شناسایی بیومارکرهای تشخیصی در سرطان کلیه با استفاده از آنالیز داده‌های RNAseq و تایید آنها به واسطه‌ی qRT-PCR. مجله دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی تهران. 1403; 82 (6) :502-511

URL: http://tumj.tums.ac.ir/article-1-13191-fa.html

شناسایی بیومارکرهای تشخیصی در سرطان کلیه با استفاده از آنالیز داده‌های RNAseq و تایید آنها به واسطه‌ی qRT-PCR
فاطمه سادات زنده‌دل1 ، سید عبدالحمید انگجی* 2، بهناز بیک‌زاده3 ، بهزاد ناروئی4 ، مهدی محمدی5
1- گروه علوم سلولی و مولکولی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران.
2- گروه علوم سلولی و مولکولی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران. ، angaji@khu.ac.ir
3- گروه ژنتیک مولکولی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران.
4- گروه اورولوژی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی زاهدان، زاهدان، ایران.
5- گروه اورولوژی، مرکز تحقیقات اورولوژی و نفرولوژی، مرکز پزشکی شهید لبافی‌نژاد، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران.
چکیده:   (71 مشاهده)
زمینه و هدف: کارسینوم سلول کلیوی شفاف ccRCC) (Clear cell renal cell carcinoma, شایعترین تومور بدخیم کلیه است و نرخ مرگ‌ومیر بالایی دارد. پاتوژنز این سرطان پیچیده است و بیومارکرهای کارآمد برای تشخیص و پیش‌بینی آن محدود هستند. هدف این مطالعه شناسایی ژن‌های پیش‌بینی‌کننده در ccRCC از طریق تحلیل بیوانفورماتیک و تأیید آزمایشگاهی آنها بود.
روش بررسی: مطالعه حاضر از نوع مورد- شاهدی بود که نمونه‌گیری از بیماران و افراد سالم از بیمارستان لبافی‌نژاد تهران طی بازه مهر 1401 تا فروردین 1403 انجام شده و مراحل آزمایشگاهی روی نمونه‌ها در آزمایشگاه دکتر رستگار واقع در خیابان دکتر قریب، دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران آغاز گردید. در ابتدا از طریق بیوانفورماتیک ژن‌های با بیان متفاوت در بیماران ccRCC با استفاده از داده‌های پروفایل بیان ژن از پایگاه داده Gene expression omnibus (GEO) با شماره GSE213324 شناسایی شدند. تحلیل داده‌ها با وب سرور Galaxy انجام شد و برهم‌کنش‌های پروتئین-پروتئین با نرم‌افزارهای Cytoscape و STRING app بررسی گردید و پس از بررسی موارد دیگر، در نهایت، دو ژن برای آزمایش Real-time PCR انتخاب شدند.
یافته‌ها: تحلیل بیوانفورماتیک منجر به شناسایی 4065 ژن با بیان متفاوت در بافت‌های RCC نسبت به بافت‌های سالم شد. این ژن‌ها در مسیرهای مرتبط با پاسخ‌های ایمنی و بیماری‌های کلیوی نقش دارند. پس از ترسیم شبکه برهم‌کنش پروتئین-پروتئین و شناسایی ژن‌های با بیان متفاوت در بافت کلیه و خون، دو ژن MTTP و CALCA برای بررسی انتخاب شدند. در آزمون Mann-Whitney U test بیان ژن CALCA در گروه بیماران به‌طور معناداری (05/0P<) کاهش یافت، اما کاهش بیان ژن MTTP معناداری نداشت.
نتیجه‌گیری: کاهش بیان ژن CALCA می‌تواند به‌عنوان بیومارکری مفید برای تشخیص ccRCC مورد استفاده قرار گیرد.
 
واژه‌های کلیدی: نشانگرهای زیستی سرطان، ژن CALCA، سرطان سلول کلیوی شفاف، سرطان کلیه، ژن MTTP.
متن کامل [PDF 813 kb]   (43 دریافت)    
نوع مطالعه: مقاله اصیل |
ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA
ارسال پیام به نویسنده مسئول

بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به مجله دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی تهران می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2025 , Tehran University of Medical Sciences, CC BY-NC 4.0

Designed & Developed by : Yektaweb